Najväčším, aj keď oficiálne nepriznaným nepriateľom totalitného režimu boli cirkvi, najmä katolícka. 20. júna 1949 obsadili biskupské úrady štátni zmocnenci. Tí kontrolujú chod biskupstiev, návštevníkov biskupov, doručovanú aj odosielanú poštu. 14. októbra 1949 schvaľuje Národné zhromaždenie zákon o zriadení Štátneho úradu pre veci cirkevné a zákon o hospodárskom zabezpečení cirkví. 16. marca 1950 boli vládnym dekrétom zrušené všetky diecézne semináre.
V noci z 13. na 14. apríla 1950 bola “Akcia K” (kláštory). pomocou milície a Štátnej bezpečnosti zlikvidovaná rozhodujúca časť mužských kláštorov. V noci z 3. na 4. mája 1950 bol v akcii K2 zlikvidovaný aj zvyšok mužských kláštorov. V druhej polovici toho istého roku internovali aj svetských kňazov v bývalom letnom biskupskom sídle v Mučeníkoch a od 28. – 31. augusta 1950 boli likvidované aj ženské kláštory v Akcii R (rehoľníčky). Dňa 15. septembra 1950 bol zatknutý biskup Ján Vojtaššák, ostatní biskupi boli predbežne internovaní. V súvislosti so zatýkaním kňazov boli zatýkaní aj veriaci, ktorí sa búrili proti brutálnym mocenským praktikám komunistického režimu. Vo viacerých slovenských dedinách veriaci celé mesiace vo dne v noci strážili svojich farárov. Nasledovali procesy, pred súdmi stáli stovky obyčajných ľudí, len v rámci tzv. Katolíckej akcie (KA) uväznili vyše dvadsaťpäťtisíc veriacich. Vtedy sa zrodil aj pojem náboženský väzeň.
Bezprostrednou prípravou na akciu „K“ (Kláštory) bol súdny proces s desiatimi predstaviteľmi jednotlivých rádov, ktorí boli obžalovaní z velezrady a vyzvedačstva. Úlohou procesu bolo odôvodniť pripravovaný zásah voči reholiam a spracovať verejnú mienku. Súdení rehoľníci sa po dôkladnom „spracovaní“ vyšetrovateľmi Štátnej bezpečnosti pri procese priznávali k svojej „protištátnej činnosti“, k nenávisti k „ľudovodemokratickému zriadeniu“, k sympatiám k „imperializmu“, k výrobe rôznych ilegálnych letákov, k ukrývaniu „nepriateľských agentov“, zbraní a cenných predmetov. Podľa rozsudku dostal jeden z obžalovaných doživotie (zhodou okolností jediný zo Slovenska – redemptorista Ján Mastiliak), ostatní tresty v celkovej výške 132 rokov.